Après deux ans d’absence, le Fret est de retour à Pontarlier. Les chargeurs de bois, principaux clients de l’époque, étaient contraints d’aller jusqu’aux Verrières (Suisse) pour leurs expéditions. Cela a ranimé cette gare qui paraissait condamnée. Un trafic de déchets de bois venant de France s’ajoutait à celui des grumes. Une nouvelle scierie implantée dans le canton des Grisons a demandé à charger 420 tonnes de bois par jour. La gare des Verrières devenait saturée. CFF Cargo a demandé à la SNCF la réouverture de la gare marchandises de Pontarlier.

Le lundi 2 juillet, tous les défenseurs du rail, Suisses et Français, étaient en gare de Pontarlier pour saluer la reprise du trafic marchandises. Le premier train était tracté par une Ae 6/6 de CFF Cargo. Elle tractait deux tombereaux et deux plats à ranchers.

La gare de Pontarlier est bicourant sans sections commutables. Les manœuvres, impossibles depuis deux ans, sont confiées à un locotracteur SNCF, le Y 7478 détaché spécialement. Il est conduit par du personnel CFF et un agent SNCF est autorisé aux manœuvres. La cadence prévue est d’un train du lundi au vendredi. Cela ne résout pas la desserte Fret coté français. La disparition de gares « bois » en Franche-Comté pose le problème du transport de grumes et dérivés du bois dans une des régions les plus forestières de France.